Ve starověkém Japonsku existoval vojenský řád, který se specializoval na špionáže a vraždy různých lidí. Oni byli nazýváni ninjas. Mnoho válek Řádu bylo v tajné službě císaře Japonska. Dnes ve hře Flight Of The Ninja pomůžeme jednomu z nich při výkonu tajné mise. Váš hrdina musí vstoupit do hlídaného hradu, který stojí na hoře. K tomu bude muset vylézt naprosté stěny, které jsou plné pasti. Váš hrdina pomocí speciálních háčků bude šikovně stoupat po zdi. Jakmile se dostal do pasti, kliknutím na obrazovku bude muset přemístit skok a vyskočit na jinou zeď.
