Medvěd Banjo spolu se svou sestrou žijí v hlubinách lesa. Jako jeden den se naše postava probudila a zjistila, že jeho mladší sestra chyběla. Teď ve hře Banjo-Kazooie mu pomůžeme najít ji. Pro pomoc se naše postava obrátila na kouzelného ptáka Kazue. Po magickém rituálu zachytila stezku a letěla po ní. Nyní běžíte hrdina bude muset běžet za ní, aniž by zaostával. Buďte opatrní, jak budete mít pasti a budete řídit hrdina bude muset přinutit je skákat přes ně. Někdy se můžete setkat s různými agresivními příšerami a budete je muset zničit.
