Speciální vlak, který jezdí z Antarktidy do džungle, může přestat existovat a důvodem je zhoršení stavu železničních tratí. Zvířata, která se bála, že přijdou o jediný dopravní prostředek, který jim umožňuje cestovat, se obrátila na Diega o pomoc v Go Diego Go! Diegova železniční záchrana. Chlapec je připraven pomoci a zapojí vás do realizace svého plánu. Obnáší to opravu silnice, ale nejdřív je potřeba posadit všechna zvířata do kočárů. Cestující souhlasí s tím, že budou cestovat pouze ve společnosti svého druhu, takže je zde samostatný kočár pro tučňáky, jeleny, medvědy a tak dále. Po umístění všech zvířat se vlak vydá na cestu a před každou zastávkou musíte složit cestu jako puzzle otáčením jednotlivých částí v Go Diego Go! Diegova železniční záchrana.
