V druhé části hry Pandemic 2 budete pokračovat ve své misi zničit celé lidstvo jako smrtící pandemie. Hra začíná tím, že si vyberete typ onemocnění: virus, bakterie nebo parazit. Poté si vyberete výchozí bod pro vaši infekci. Odtud budete muset rozšířit svou nemoc do zbytku světa. Šířením po celém světě můžete zlepšit svou nemoc a učinit ji tak, aby jí lidé netrpěli. Neustále upravujte svůj virus, aby na něj lidstvo nemohlo přijít s lékem. Postupně tedy ve hře Pandemic 2 zničíte celou populaci planety
