V Bubble Pop Origin vás vítá nová bublinová střílečka. Roztomilá zrzavá veverka již drží ve svých tlapkách balónek a je připravena vám ho dát, abyste balónek vypustili do shluku bublin nad ním. Chcete-li projít úrovní, musíte odstranit všechny bubliny z pole. Při spuštění dalšího náboje se musíte ujistit, že se přilepí ke skupině, kde je počet kuliček stejné barvy tři nebo více. Teprve poté koule prasknou. Pokud vaše střely nebudou úspěšné, koule se postupně přeskupí a klesnou v Bubble Pop Origin.