Jako součást čety speciálních sil budete v Secret Oparation plnit tajné mise po celém světě. Na začátku hry si budete muset vybrat svou postavu. Pak pro něj seberte zbraně, výbušniny a munici. Jakmile to uděláte, váš hrdina bude na určitém místě. Pomocí ovládacích kláves budete usměrňovat jeho jednání. Budete se muset posunout vpřed pomocí radaru. Jakmile si všimnete nepřítele, zaútočte na něj. Přesnou střelbou a použitím granátů zničíte nepřátelské vojáky a získáte za to body. Po smrti nepřítele nezapomeňte sbírat trofeje, které upustil.