Odvážný samuraj jménem Kjóto žije ve světě pixelů. Dnes musí náš hrdina cestovat do odlehlých oblastí své země a bojovat tam s různými zločinci. Vy mu ve hře Pixel Samurai v tom pomůžete. Vaše samuraje budou viditelné na obrazovce před vámi, která se nachází v určité oblasti. Pomocí ovládacích kláves ho rozběhnete vpřed. Podívejte se pozorně na obrazovku. Na cestě vašeho hrdiny se objeví různé druhy překážek a děr v zemi. Pokud je vaše postava v určité vzdálenosti od této nebezpečné oblasti, budete ji muset přinutit skočit. Váš hrdina tedy poletí vzduchem skrz toto nebezpečí a bude moci pokračovat v cestě.
