Ve směru vesmírné základny umístěné na oběžné dráze jedné z planet z vesmíru letí shluk barevných balónků. Když se dotknete povrchu základny, koule explodují a zničí jej. Vy ve hře Space Bubbles budete muset všechny zničit. K tomu použijete speciální dělo, které střílí pomocí speciálních barevných jader. S tímto nábojem budete muset spadnout do shluku koulí přesně stejné barvy. Tím je zničíte a získáte za to body.