Ve starověkém Japonsku existoval Řád Ninja bojovníků, kteří bojovali proti různým nepřátelům státu a monstrám. Dnes jsme ve hře Ninja Defender pomůžeme jedné válce vstoupit do chrámu a plnit úkol hlavy jeho řádu. Náš hrdina, který prochází chrámem, pronikne do svých sálů. Bude napaden různými příšerami. Naše postava bude používat zbraně velmi podobně jako bumerang. Přejdeme ho do nepřítele, udeříme ho a objekt bude letět zpět. Budeme muset pohybovat postava tak, že ho odrazil, a tak znovu hodil. Pokud nemáme čas na to, ztratíme zbraň a ztratíme kolo.