Poblíž malé vesnice nacházející se v Japonsku se objevili živí mrtví. V noci se potulují po osadě a loví lidi. Statečný ninja válečník Kyoto dostal od císaře rozkaz zničit zombie. Vy ve hře Ninja Versus Zombie v tom pomůžete ninjovi. Před vámi na obrazovce bude oblast, ve které se bude nacházet vaše postava. Pomocí ovládacích kláves budete řídit akce ninji. Bude muset běžet vpřed terénem a pečlivě se rozhlížet. Cestou bude moci sbírat zlaté mince a další předměty roztroušené po celé lokaci. Jakmile potkáte zombie, zaútočte na ni. Pomocí různých zbraní z ninja arzenálu budete ve hře Ninja Versus Zombie ničit zombie a získávat za to body.