Nindroidov obrovská armáda vzbouřili a začali dobývat planetu. Stateční hrdinové hry "Go Ninja: Rise Nindroidov" snaží zastavit povstání, a za to, že je třeba se dostat do nepřátelské základny a zničit vůdce. Před dlouhou cestou, můžete hrát za každý ninja, který je ve hře. Různé situace vyžadují různé charaktery. Změna postavy ožívají ve hře ve speciálním portálu. Chcete-li prolomit bariéru, vyvolat silný ninja se sekyrou, nakrájíme ji na kousky všech. Sbírejte po cestě lékárničce, ale spíše se snaží udržet se nepřátele.